A vila de São Cipriano foi fundada pelo Frei João de São Cipriano, da Ordem dos Frades Menores Capuchinhos, em 1708, no dia 31 de outubro. Até esta data, a região – conhecida apenas por Ibijuru – foi evitada por índios, brancos e até por alguns animais, ganhando fama de terra maldita.
A chegada do frade, junto com um pequeno número de fiéis que o seguiam, foi de surpresa. Ele teria ignorado os conselhos de todos de evitar aquela região e começou a montar a primeira capela bem onde teria perecido a vila indígena original. A primeira missa foi realizada na data da fundação da vila, que recebeu o nome de São Cipriano.
Alguns religiosos questionaram o uso do nome de um santo tão controverso como São Cipriano, mas deixaram o frei continuar com a expansão da vila, acreditando que provavelmente seus poucos habitantes cairiam perante as doenças e os perigos em breve. Não foi o que aconteceu.
O assentamento original contava com pouco mais de cinquenta pessoas, mas no primeiro aniversário da vila, em outubro de 1709, já tinha quase duzentas. E em 1710 aumentou para quinhentas, chegando à mil (um número impressionante para a época) no início de 1711. E apesar das augúrias de se construir uma vila do zero, todos os seus habitantes passavam bem.
Histórias supersticiosas começaram a chegar nos vilarejos próximos, dizendo que o frei teria feito acordo com santos, ou mesmo demônios, para permitir que sua vila prosperasse.
Com a Guerra dos Emboabas recém encerrada, e a criação da Capitania de São Paulo e Minas de Ouro, muitos temiam o rápido crescimento da vila poderia originar um foco de resistência dentro da colônia, sobretudo porque Frei João parecia ter se afastado da Ordem dos Frades Menores Capuchinhos por divergências intelectuais. Alguns também diziam que o motivo da vila crescer tanto era uma mina de ouro que deveria estar sendo explorada na região.
Membros da coroa questionaram os aldeões e o frei de forma assertiva, mas não conseguiram encontrar nada fora do normal. Pelo contrário: tudo parecia seguir de forma próspera e feliz na região. Um verdadeiro exemplo de governança para todos.
A situação manteve-se razoavelmente estável até a chegada do Santo Ofício, em 1716, após uma denúncia anônima de que o frei fazia uso de bruxaria.
Os inquisidores teriam ameaçado o frei de todas as formas possíveis, incluindo episódios de tortura e ameaça aos membros da vila, mas não conseguiram obter dele nenhuma confissão. Por fim, o condenaram por usar o nome de São Cipriano, o Bruxo, (e não São Cipriano, Bispo de Catargo) para fundar a cidade e a igreja matriz do lugar. Também teriam decretado a extinção da vila e a debandada de seus habitantes.
No dia 31 de outubro de 1717, exatos nove anos após a fundação da vila, Frei João foi queimado vivo em uma fogueira e morreu sem proferir nenhum som. Houve grande comoção dos seus seguidores, principalmente no dia seguinte, quando boatos de milagres realizados por Frei João surgiram por toda a parte. Cura de doenças, restauração de aleijados e até uma possível ressurreição. As notícias espalharam-se rapidamente.
Fiéis corriam até a fogueira, tentando pegar punhados de cinzas para guardar de lembrança. Dizem que um crucifixo usado pelo falecido foi encontrado nos restos da fogueira e guardado como uma relíquia pelos membros da igreja.
Por pressão popular, a vila não foi desfeita, como ordenado inicialmente. É dito que uma carta teria sido enviada para o tribunal eclesiástico, em Minas Gerais, exigindo o reconhecimento do erro cometido pelos inquisidores por terem executado um homem santo, mas o processo nunca seguiu em frente.
A Vila de São Cipriano sobreviveu, mas não voltou a ser tão próspera e feliz como era em seus primeiros anos. Frei João acabou sendo conhecido como Mártir João e uma capela foi erguida em sua homenagem bem no local onde ele foi queimado vivo. Posteriormente, uma nova congregação de franciscanos foi criada na cidade, recebendo o nome de Convento dos Freis do Mártir João de São Cipriano e, depois, o Mosteiro das Freiras do Mártir João de São Cipriano.
Pedidos feitos ao Vaticano para reconhecer Mártir João como um santo foram feitos, mas por enquanto a igreja ainda não se manifestou sobre o caso.